Vođenica se nalazi na padinama planine Grmeč. Prostire se od sjevera ispod planinskog vrha Željeznik i spušta se prema jugu u ravnicu Bjelajskog polja. Vođenicu čine dva dijela, Donja Vođenica, na manjoj nadmorskoj visini i Gornja Vođenica, koja je na većoj nadmorskoj visini.
Iznad Gornje Vođenice nalaze se mnogi izvori i potok koji protiče kroz Gornju i Donju Vođenicu. Nekada su se dužinom tok toka nalazile mnogobrojne vodenice – čak 40 vodenica – koje su mljele žito za mještane.